Huyện Củ Chi nằm về phía tây bắc Thành phố Hồ Chí Minh, cách trung tâm thành phố khoảng 33 km.[3]

Sông Sài Gòn chảy qua phía đông huyện, tạo thành một đoạn ranh giới giữa Thành phố Hồ Chí Minh với tỉnh Bình Dương.

Huyện có địa giới hành chính:

• Phía đông và phía bắc giáp 4 huyện, thị của tỉnh Bình Dương, gồm: Thuận An, Thủ Dầu Một, Bến Cát và Dầu Tiếng qua sông Sài Gòn
• Phía tây bắc giáp thị xã Trảng Bàng, tỉnh Tây Ninh
• Phía tây nam giáp huyện Đức Hòa, tỉnh Long An
• Phía nam giáp huyện Hóc Môn.

Huyện Củ Chi nằm trong vùng chuyển tiếp giữa miền Tây Nam Bộ và Đông Nam Bộ, với độ cao giảm dần theo 2 hướng tây bắc, đông nam và đông bắc, tây nam. Độ cao trung bình so với mặt nước biển từ 8 m – 10 m.[3]

Điều kiện tự nhiên

Huyện Củ Chi có hệ thống sông, kênh, rạch khá đa dạng. Sông Sài Gòn chịu chế độ ảnh hưởng dao động bán nhật triều, với mực nước triều bình quân thấp nhất là 1,2 m và cao nhất là 2,0 m. Các hệ thống kênh rạch tự nhiên khác, đa số chịu ảnh hưởng trực tiếp chế độ thủy văn của sông Sài Gòn như Rạch Tra, Rạch Sơn, Bến Mương … Riêng chỉ có kênh Thầy Cai chịu ảnh hưởng chế độ thủy văn của sông Vàm Cỏ Đông. Nhìn chung hệ thống sông, kênh, rạch trực tiếp chi phối chế độ thủy văn của huyện và nét nổi bật của dòng chảy và sự xâm nhập của thủy triều.[3]